jueves, febrero 26, 2009

Prueba, no molestar!

Probando meter codigo, si funciona pondré algo coherente (o al menos lo intentaré).


from __future__ import with_statement
from Bio import SeqIO, SeqRecord, Seq

#para planillas html de Laura
ain='/mnt/hda2/bio/cln.txt'

cln=set()
with open(ain) as f:
for line in f:
cln.add(line[:-1])
#print line,

#sco esas del fasta y las pongo en otro fasta.
#recorro el fasta
i = 0
fasta69 = []
for record in SeqIO.parse(open('/mnt/hda2/bio/bacs.v247.seq'), "fasta") :
if record.id in cln:
fasta69.append(record)

with open('/mnt/hda2/bio/fasta69.txt','w') as outf:
SeqIO.write(fasta69,outf,"fasta")


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2 Comentarios:

A la/s 11:01 p. m., Blogger ralsina dijo...

Con colorcitos y todo, hasta en planeta pyar :-)

 
A la/s 5:50 p. m., Blogger Sebastian dijo...

Sip, quedo mejor de lo que pensaba. Aguante el Kate! :)

 

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