Hoy estuve en el evento Wikimania 2009. Se trata de la reunion anual de Wikimedia, la gente que hace Wikipedia. En este caso hice de organizador, aunque mas que organizador fui voluntario. El papel que me autoasigne fue el de encargado tecnico de sala. Mi tarea principal era asistir a los expositores en lo que necesiten en medios tecnicos para dar su charla. La sala que elegi eran donde exponian los capos maximos de programacion y administracion de sistemas. Por ejemplo estaban las personas que tenian el root (acceso total) de los servidores de Wikipedia. Asi que lo que yo podia aportar para asistir a semejantes proceres tendia a 0 :). Ademas quienes me asistian a mi tambien la tenian clara asi que las pocas veces que hubo un problema de red, me lo arreglaron (habia un problema con un ruter creo). Si bien estuve pendiente al handy, algo de las charlas pude escuchar y la gran mayoria fueron increibles. Temas como la API de Wikipedia, la plataforma de testing, la administracion de los servidores, la herramienta de los wikibooks y el "toolserver". Estuve en el mejor lugar que podia estar un geek hoy 26 de Agosto de 2009. Algunos se quejaban del precio del evento (u$70), especialmente estando en Argentina y siendo un evento relacionado con la comunidad de software libre (donde estuvo Stallman). Pero despues de ir hoy, copnsidero que es barato, ya que compartir 3 dias con personas de todo el mundo, incluyendo grosos en serio y almuerzo y bebidas, cena de bienvenida con bife de chorizo, fiesta de despedida, es un regalo. No conozco los numeros economicos del evento, pero apostaria que esta subsidiado, no veo como se puede pagar un evento de ese nivel con tan poca plata. Lo malo: Se afanaron una laptop, a pesar de la seguridad del lugar y la contratada por wikimedia. Pero ellos (la seguridad de Wikimedia) encontro uno de los chorros, o sospechoso (estaba sin ID en el hall comun y con la mochila que el dia anterior le robaron a Bea, suponemos que como el robo a Bea fue en el Alvear, el tipo supuso que era eventos distintos,sino no se explica que use lamochila robada). Pero eso es parte de donde vivimos, es como el clima, no podemos hacer nada (salvo tener quidado). Los ba~nos tambien tenian problemas, como cualquier banio de un teatro en Argentina, pero para un evento internacional no queda bien. Asi que pese a esto, el balance es muy positivo, y para aquellos que se quejan del precio, tengan en cuenta que los videos y todo el material estara disponible gratis (si es que no esta online ya mismo). Como soy cholulo, me saque una foto con Rob Halsell, uno de los 10 roots de Wikipedia:
Aca les dejo un folleto sobre una charla que voy a dar. Justo ese dia (4 de Setiembre 2009), pero al mediodia, doy tambien una charla en la PyCon (Conferencia de Python). La primera vez que doy 2 charlas distintas en el mismo día. Tampoco serán tan distintas, puede que se solape alguna diapo :)
El otro día esta propaganda que me dio ganas de comer una pizza con mucho topping:
Por lo tanto puse manos a la obra e hice el siguiente intento:
No estaba mal, no es igual porque en lugar de muzzarella uso el queso "cremon" de La Serenisima, asi que la mia no es tan grasosa (ni tan rica). A pesar que me gusta, me pregunto que es mejor, ¿las pizzas asi cargadas de ingredientes o las pizzas simples de queso y tomate?
This book introduces programming concepts to life science researchers, bioinformaticians, support staff, students, and everyone who is interested in applying programming to solve biologically-related problems. Python is the chosen programming language for this task because it is both powerful and easy-to-use.
It begins with the basic aspects of the language (like data types and control structures) up to essential skills on today's bioinformatics tasks like building web applications, using relational database management systems, XML and version control. There is a chapter devoted to Biopython (www.biopython.org) since it can be used for most of the tasks related to bioinformatics data processing.
There is a section with applications with source code, featuring sequence manipulation, filtering vector contamination, calculating DNA melting temperature, parsing a genbank file, inferring splicing sites, and more.
There are questions at the end of every chapter and odd numbered questiona are answered in an appendix making this text suitable for classroom use.
This book can be used also as a reference material as it includes Richard Gruet's Python Quick Reference, and the Python Style Guide.
DVD: The included DVD features a virtual machine with a special edition of DNALinux, with all the programs and complementary files required to run the scripts commented in the book. All scripts can be tweaked to fit a particular configuration. By using a pre-configured virtual machine the reader has access to the same development environment than the author, so he can focus on learning Python. All code is also available at the http://py3.us/## where ## is the code number, for example: http://py3.us/57
I've been working on this book for more than two years testing the examples under different setups and working to make the code compatible for most versions of Python, Biopython and operating systems. Where there is code that only works with a particular dependency, this is clearly noted.
Finally, I want to highlight that non-bioinformaticians out there can use this book as an introduction to bioinformatics by starting with the included "Diving into the Gene Pool with BioPython" (by Zachary Voase and published originally in Python Magazine).
