jueves, junio 04, 2009

DNALinux Python for Bioinformatics



GenesDigitales presenta una nueva versión de DNALinux, Virtual Desktop Python for Bioinformatics Edition. DNALinux Py4Bio es una máquina virtual con la distribución Linux Xubuntu y software de bioinformática preinstalado. Esta versión de DNALinux formará parte del libro "Python for Bioinformatics" Todo el software explicado en el libro esta incluido en esta versión de DNALinux Virtual Desktop como asi tambien software especifico de bioinformatica. Los programas bioinformáticos incluidos mas destacados son: Biopython, BLAST, Emboss, NCBI toolkit y otros. La lista completa está disponible en http://www.dnalinux.com/installedsoftware.html
Esta versión reemplaza a la linea "desktop" y "server" ya que tiene ambos tipos de programas. Con DNALinux es posible montar un servidor BLAST sin necesidad de configurar Apache y CGI porque ya viene preconfigurado y listo para usar.
DNALinux está compuesto por una "distro base" (Xubuntu 8.04) corriendo sobre una maquina virtual (VMWare). La principal ventaja de esta configuración es que su la virtualización no afecta el sistema operativo ya instalado, permitiendo el aprendizaje, testeo y desarrollo de aplicaciones bioinformáticas en un ambiente uniforme.
La maquina virtual tiene un tamaño de mas de 12 Gb, aunque se distribuye comprimida con 7zip en un archivo de 2.3Gb. La distribución se realiza con el protocolo bittorrent, motivo por el cual solicitamos a los usuarios que estén en condiciones de "seedear" la imagen el
mayor tiempo posible.

Para citarlo por si se lo usa en alguna publicación:

Bassi, Sebastian and Gonzalez, Virginia. DNALinux Virtual Desktop Edition. Available from Nature Precedings <http://dx.doi.org/10.1038/npre.2007.670.1> (2007)

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