sábado, mayo 29, 2004

Opera 7.11 tiene modo nostalgia.

http://c64.cemper.com/archives/20030829-opera-for-8bit-computers.php#more

Permite ver las páginas como si fuera una C=64.
Cool :)

Nueva pagina para DNALinux

Estoy probando un nueva CMS para DNALinux que es muy bueno y el hosting lo instala solo.
DNALinux está en: DNALinux.com.

martes, mayo 25, 2004

Mi gmail.

Ya tengo gmail!!!!
No necesito entrar aca todos los dias :)

viernes, mayo 21, 2004

BLASTonCD

ya esta listo el BLAST on CD.

jueves, mayo 20, 2004

Softwarelibre en una escuela de SantaFe

En el link se pueden ver las fotos de un grupo de usuarios de Linux instalando LTSP en una escuela.

Vendo un Windows98

Aca vendo un Windows 98. Bastante barato para ser nuevo y original.

martes, mayo 18, 2004

ADN en todas partes

[url]http://radio.weblogs.com/0105910/2004/05/16.html[/url]




Mi código en BioPython

Este es el anuncio oficial de la última version de Biopython (1.3), donde figuro yo :)

Hello all;
I'm happy to announce a new release of Biopython 1.30, available
today from http://biopython.org. This release contains a number of
new modules and substantial changes to older modules. As a result of
the changes, we've bumped up to a brand new major number. Please do
download, test with your code, and report any bugs or problems to
the normal lists (biopython@biopython.org or
biopython-dev@biopython.org). The substantial changes in this
release include:

-> Overhaul of the FASTA parser. Internally, fasta parsing now uses
C libraries, so it is much faster and scalable to large files. The
changes should all be internal, so that code written for the old
Fasta parser will work with the new version.

-> Updated GenBank parser internals. In a desire to make GenBank
parsing more flexible to the numerous updates to the format, a
number of underlying parser details have been improved.

-> New contributed modules:
Affymetrix cel parsing -- Harry Zuzan
Compass output parsing -- James Casbon
Melting temperature calculation -- Sebastian Bassi
Reduced protein alphabets -- Iddo Friedberg
Blast XML output parsing -- Bertrand Frottier

-> Some duplicated and non-finished modules have been deprecated.
For now you will get DeprecationWarnings with these modules, but
they will eventually be removed. The effected modules are
Bio/sequtils, Bio/kMeans, Bio/SVM and Bio/RecordFile. Please see the
file DEPRECATED in the distribution for details of switching your
code to use the new replacement modules.

-> The C++ code in the KDTree and Affy modules is now compiled by
default. This has been tested on a number of platforms, but is a
potential source of compilation errors. If you run into any problems
compiling these C++ modules, please report them to the list.

-> A large assortment of bug fixes and updates to documentation.

A full list of changes is included below. Please download, test,
and enjoy. Thanks much for everyone's hard work that went into
making this release possible.

Brad

May 14, 2004: Biopython 1.30
Affy package added for dealing with Affymetrix cel files -- thanks to Harry
Zuzan.
Added code for parsing Blast XML output -- thanks to Bertrand Frottier.
Added code for parsing Compass output -- thanks to James Casbon.
New melting temperature calculation module -- thanks to Sebastian Bassi.
Added lowess function for non-parameteric regression -- thanks to Michiel.
Reduced protein alphabet supported added -- thanks to Iddo.

Added documentation for Logistic Regression and Bio.PDB -- thanks to Michiel
and Thomas.
Documentation added for converting between file formats.
Updates to install documentation for non-root users -- thanks to Jakob
Fredslund.
epydoc now used for automatic generation of documentation.

Fasta parser updated to use Martel for parsing and indexing, allowing better
speed and dealing with large data files.
Updated to Registry code. Now 'from Bio import db' gives you a number of new
retrieval options, including embl, fasta, genbak, interpro, prodoc and swissprot.
GenBank parser uses new Martel format. GenBank retrieval now uses EUtils instead
of the old non-working entrez scripts. GenBank indexing uses standard Mindy
indexing. Fix for valueless qualifiers in feature keys -- thanks to Leighton
Pritchard.
Numerous updated to Bio.PDB modules -- thanks to Thomas. PDB can now parse headers
-- thanks to Kristian Rother.
Updates to the Ace parser -- thanks to Frank Kauff and Leighton Pritchard.

Added pgdb (PyGreSQL) support to BioSQL -- thanks to Marc Colosimo.
Fix problems with using py2exe and Biopython -- thanks to Michael Cariaso.
PSIBlast parser fixes -- thanks to Jer-Yee John Chuang and James Casbon.
Fix to NCBIWWW retrieval so that HTML results are returned correctly.
Fix to Clustalw to handle question marks in title names -- thanks to Ashleigh
Smythe.
Fix to NBRF parsing to it accepts files produced by Clustalw -- thanks to
Ashleigh Smythe.
Fixes to the Enyzme module -- thanks to Marc Colosimo.
Fix for bugs in SeqUtils -- thanks to Frank Kauff.
Fix for optional hsps in ncbiblast Martel format -- thanks to Heiko.
Fix to Fasta parsing to allow # comment lines -- thanks to Karl Diedrich.
Updates to the C clustering library -- thanks to Michiel.
Fixes for breakage in the SCOP module and addition of regression tests to
framework -- thanks to Gavin.
Various fixes to Bio.Wise -- thanks to Michael.
Fix for bug in FastaReader -- thanks to Micheal.
Fix EUtils bug where efetch would only return 500 sequences.
Updates for Emboss commandlines, water and tranalign.
Fixes to the FormatIO system of file conversion.

C++ code (KDTree, Affy) now compiled by default on most platforms -- thanks to
Michael for some nice distutils hacks and many people for testing.
Deprecated Bio.sequtils -- use Bio.SeqUtils instead.
Deprecated Bio.SVM -- use libsvm instead.
Deprecated Bio.kMeans and Bio.xkMeans -- use Bio.cluster instead.
Deprecated RecordFile -- doesn't appear to be finished code.
_______________________________________________
BioPython-announce mailing list - BioPython-announce@biopython.org
http://biopython.org/mailman/listinfo/biopython-announce

viernes, mayo 14, 2004

Un programa muy util

Como ven, Mayo del 2004, alguien se le ocurrio hacer un compilador en C cuyos ejecutables pueden correr en arquitectura 6502, esto es: Commodore 64 y parientes.


cc65 2.10.1
by BlackJack - Thursday, May 13th 2004 23:36 PST [i] [s] [n]

About: An almost ISO C compatible C compiler which produces binaries for 6502-based computers. Targets that are supported out of the box are: Apple ][, Atari 8Bit machines, Commodore C64/C128/C16/C116, Commodore Plus/4, Commodore 600/700, and GEOS for C64. The package includes a complete suite of assembler developement tools (assembler, linker, archiver) which allows mixing of C and assembler code.

miércoles, mayo 12, 2004

Venta de Advanta

Garst va para Syngenta y el resto (incluido Advanta Argentina) va para
Fox Paine:


Syngenta, Fox Paine to Buy Advanta for $475 Million (Update2)

May 12 (Bloomberg) -- Syngenta AG, the world's biggest maker of crop
chemicals, and buyout firm Fox Paine & Co. agreed to buy Advanta BV for
400 million euros ($475 million) to expand Syngenta's share of the U.S.
corn and soybean seed markets.

Syngenta will pay 239 million euros for Advanta's North American corn
and soybean business, the Basel, Switzerland-based company said in a
faxed statement. Fox Paine, based in San Francisco, will pay 161 million
euros for Advanta's operations outside North America and businesses
other than corn and soybeans in the region, the statement said.

The purchase, which includes the Garst corn and soybean brands, will
give Syngenta an 11 percent share of the U.S. corn seed market and 10
percent of the soybean market, the company said. Syngenta said the
acquisition will add to earnings beginning in 2006 and reiterated its
forecast of ``robust'' sales growth resulting in earnings per share
growth of more than 30 percent.

Fox Paine will also hold 10 percent of the businesses Syngenta is
buying, according to the statement.

Advanta, which owns the Garst corn and soybean brands, is a joint
venture of AstraZeneca Plc, Europe's second-biggest drug company, and
Royal Cosun, the biggest Dutch sugar-maker.

Syngenta also is acquiring technology from Germany's Bayer AG to develop
corn varieties that are resistant to glyphosate herbicides, such as
Monsanto Co.'s Roundup. No terms were given for the purchase.

To contact the reporter on this story:
Antonio Ligi in Zurich mshearmur@bloomberg.net.

To contact the editor responsible for this story:
Chris Collins in London at aligi@bloomberg.net

Last Updated: May 12, 2004 02:35 EDT

martes, mayo 11, 2004

PyJa para todos

Hoy salio un nuevo programa: PyJa. según la descripcion:
PyJa is a Java Library that makes Python modules accesible through JNI.
Aca está la página:
http://ads.osdn.com/?ad_id=2300&alloc_id=5551&site_id=3&request_id=9316419

Pais populista.

Encuesta en Clarin.com

Aníbal Fernández: 'No se puede condenar a un ministro a un sueldo de 3
mil pesos', ¿qué opina? 12184 votantes

Tiene razón ( 4654 ) 38.2 %
No estoy de acuerdo ( 7530 ) 61.8 %


¿Como no van a tener exito las politicas populistas con esta clase de
opiniones?

lunes, mayo 10, 2004

Posting via email

Prueba de como se puede postear a Blogger via e-mail.

#END

domingo, mayo 09, 2004

Linuxeros inmaduros

En este hilo del mailing list de Lugar (Linux User Group de Argentina), discuten como solucionar el problema que se genera porque en NIC.AR cambiaron la página y la hicieron inusable para navegadores de texto. Una de las propuestas, que para colmo tiene adhesion y nadie se quejó, es hacer un script para "bombardear" la página con pedidos injustificados.
Despues muchos se sorprenden porque relacionan Linux con el terrorismo:



Sigue texto extraido de LUGAR-GRAL:



Yo podria pasarle el aviso a los 4000+ usuarios de daleclick, para que sea
mas personal.

--
Arturo "Buanzo" Busleiman - www.buanzo.com.ar - GNU/Linux Documentation
President, Open Information System Security Group - Argentina

"En teoria, no existe diferencia entre teoria y practica. Pero, en la
practica, esto no es asi."

On Sat, 8 May 2004, Gonzalo Rivero wrote:


>> ¿quien hace el script?
>> cuando lo tengan, yo lo puedo dejar corriendo en un par de máquinas(unas
>> nueve, tal ves mas) de la UNSa durante un par de días...
>> pido el script hecho porque sino tendría que pensar yo y eso de pensar es
>> demasiado para mi pobre cerebro :-D
>
>>> >-- Mensaje Original --
>>> >Date: Sat, 8 May 2004 16:09:52 -0300
>>> >From: Matias
>>> >To: Lista de temas generales del LUGAr y de Linux
>>> >Subject: Re: [LUGAr-gral] nic.ar
>>> >Reply-To: Lista de temas generales del LUGAr y de Linux
>>> >
>>> >
>>> >El Thu, 6 May 2004 00:27:49 -0300
>>> >Pupeno escribió:
>>> >
>>> >
>>
>>>>>> >> > > Veo que la página de nic.ar sigue tan mal como siempre...
>>>>>> >> > > alguien sabe si por lo menos la gente de nic.ar tomó alguna
>>>>>> >> > > decición de solucionar el problema y/o lo esta evaluando al
>>>>>> >> > > menos ?
>>>>
>>>>> >> >
>>>>> >> > Hola:
>>>>> >> > Más que de esta lista, la cosa vendría por el lado de
>>>>> >> > SOLAR[0]. Hace
>>>>> >> > unos días que se me estancaron demasiados correos de dicha lista
>>>>> >> > (que los borré sin ver) y no se en que quedó el tema.
>>>>> >> >
>>>>> >> > Si no pasa nada dentro de un tiempo, podríamos pensar en hacer
>>>>> >> > una
>>>>> >> > protesta más dura (como sería hacer un script que se identifique
>>>>> >> > como uno de los navegadores no soportados -o sea konqueror, links,
>>>>> >> > lynx, etc- y que constantemente cargue la página). Aunque antes de
>>>>> >> > llegar a algo así, sería bueno que TODOS mandemos mails pidiendo
>>>>> >> > una explicación (y cuando alguien la reciba, que la anuncie).
>>>
>>>> >>
>>>> >> Justamente esto es lo que yo tenia en mente ;) por eso preguntaba.
>>
>>> >
>>> >Eso habría que coordinarlo, y que seamos al menos diez personas (sea
>>> >con scripts, que en perl eso se podría hacer en cinco minutos -usando
>>> >el p5-libwww-; o con un navegador no compatible haciendo sucesivas
>>> >recargas de la página).
>>> >
>>> >Por cierto, no se si alguien no use GNU/Linux y use otro sistema
>>> >operativo, pero cuando estoy en mi máquina (con FreeBSD) y uso
>>> >Konqueror, la página de nic.ar dice que estoy usando Konqueror 3 sobre
>>> >Linux y eso que la identificación la manda completa, algo como:
>>> >
>>> >Mozilla/5.0 (compatible; Konqueror/3.2; FreeBSD 4.9-RELEASE-p2; X11;
>>> >i386; , es_ES, es_ES.ISO8859-15, es) (KHTML, like Gecko)
>>> >
>>> >O sea, supongo que algún "maleducado" (por no querer insultarlo) cargó
>>> >en algún lugar que Konqueror es de Linux y niega abiertamente el
>>> >acceso con este navegador. También es interesante leer el código
>>> >fuente de la página (ni siquiera les caen bien las personas que sigan
>>> >usando Netscape como navegador).
>>> >
>>> >
>>> >
>>> >
>>> >--
>>> >Atentamente, yo
>>> >CookBookXML: http://nnss.d7.be/~matias/CookBookXML/bin
>>> >http://www.nnss.d7.be
>>> >http://savannah.gnu.org/projects/tasklist
>>> >--
>>> >Para desuscribirte tenés que visitar la página
>>> >https://listas.linux.org.ar/mailman/listinfo/lugar-gral/
>>> >
>>> >Si tenés algún inconveniente o consulta escribí a mailto:lugar-gral-master@linux.org.ar
>>> >Apoya al ASLE enviando tu firma http://www.linux.org.ar/asle
>
>>
>> --
>> se feliz
>> Fisch aus dem Salta
>>
>> for us official use only:
>> bomb kill attac al quaida bin laden war terrorism saddam hussein fidel
>> castro cuba iraq afghanistan revolution, free software now - alca não -
>> alca nunca, peace, love, happiness

concurso

Concurso de Google: http://www.darkblue.com/seochallenge/

viernes, mayo 07, 2004

Win en Linux

Esto deberia ser una distro de linux q corre Win, pero la pagina ahora no funca.

lunes, mayo 03, 2004

mas de lo mismo

Gano franja morada, que es el radicalismo en la Universidad.

DNALinux

Ya tenemos PR en castellano del DNALinux:

Lanzamiento oficial de DNALinux 0.2

(Quilmes, Argentina). GenesDigitales lanzó la versión pública de
una distribución de Linux orientado a las ciencias de la vida: DNALinux
0.2.
Esta basada en una versión reducida de Slackware Linux (Slax) e incluye
software de bioinformática y bases de datos genómicas. Una característica clave del DNALinux es que funciona como un LiveCD, esto es, sin hacer cambios permanentes sobre el disco rígido. La distribución puede ser testeada o utilizada sin ningún riesgo de pérdida de datos. También puede ser instalado como un Linux regular. Para más información consultar el FAQ en Dnalinux.com donde encontrarán todos los detalles.

Lista de programas de bioinformática:

BLAST
EMBOSS-2.8.0
T-COFFEE_distribution_Version_1.37
abacus-0.63
arka-0.11
avid
big_mac
cap3
clustalx1.81.linux
e-pcr
efmc
hmmer-2.3.2.bin.intel-linux
ncbi
paml3.12
primer3_0_9_test
GeneSplicer
infernal-0.55
tacg-4.0.8-src

Bases de datos de secuencias incluidas (en formato BLAST):

Arabidopsis Thaliana (aa).
Drosophila Malanogaster (aa)
Escherichia Coli (aa).

Y más,
-Soporte para español, portugués y francés (inglés es el idioma que viene por default).
-Nuevo Splash logo.


Continuamos trabajando para la próxima versión. Si desean probar esta versión, visita Dnalinux.com, donde podrán bajar el DNALinux (se requiere registración gratuita).

El equipo de DNALinux de GenesDigitales: info@genesdigitales.com

http://Bioinformatica.info

Computadoras de DNA

Art. sobre nuevo tipo de DNA computer.
http://www.reuters.com/newsArticle.jhtml?type=topNews&storyID=4975134

Teclado iluminado

Teclado iluminado para teclear de noche.